孔廟是祭祀孔子的廟宇。孔子是我國春秋末期著名的思想家、教育家，被尊為儒家學派的創始人。孔子在一生艱辛探索的社會實踐中，深入了解和認識了當時社會，逐步創立了儒家思想的基本體系，成為當時著名的政治理論家、教育家、思想家。他創立的儒學思想在中國乃至世界歷史上都有著很大的影響。孔子死后第二年（公元前478年），魯哀公將孔子生前所居之堂改做“壽堂”，房屋三間，里面陳列著孔子使用過的“衣、冠、琴、車、書”，“因以為廟，歲時奉祀”，即每年按時祭祀。
漢高祖劉邦十二年（公元前195年），“帝幸闕里，以太牢祀孔子”，即以整牛、整羊、整豬祭祀孔子，成為第一個祭祀孔子的皇帝。至漢武帝時期，著名思想家董仲舒為了迎合漢武帝，在創立了“神學目的論”以后，提出“罷黜百家，獨尊儒術”，這時的儒家思想已是經過戰國時期的“百家爭鳴”，經過“思、孟學派”及荀子對孔子思想的進一步發展，又冠以董仲舒神學思想的“天人感應”論，使孔子原始思想大為改觀，以后逐漸成為整個中國封建社會的正統思想。
從公元220年到解放前，孔廟先后重修擴建七十多次。歷經兩千余年的歷代重修擴充，便得曲阜孔廟形成了規模宏大的古代建筑群。共占地約14萬平方米，殿堂閣廡466間，門坊54座，碑亭17座。規模之大，與北京故宮、承德避暑山莊并稱為全國三大古建筑群。
孔廟的總體布局是由孔子當年的故居長期發展而來的，至今已有二千四百余年的歷史。在整體建筑方面，孔廟采用古代傳統的宮庭式建筑形式。但它經過歷史上的多次重修擴建，每當重修擴建的時候，它必然要受到前代孔廟建筑形制、規模等因素限制，然而，孔廟的建筑群體最終成功地利用了先代遺產，既體現了歷史遺產的延續，又保持了它的總體的完整性。孔廟是孔子故宅擴建而成的，它保存了許多有關孔子的古跡，如故宅井、詩禮堂、魯壁、金絲堂以及為紀念孔子講學建造的杏壇等；其次是王者宗廟因素，如門戟之制，前殿后寢之制等；第三是宮庭因素，如天子五門之制，王城角樓之制，東、西華門等；第四是宗族家廟因素，如啟圣殿、崇圣祠、家廟等；第五是祭祀因素，在孔廟被祭祀者除孔子、四配、十二哲外，還有先賢先儒、祖先等總數達二百余人，這樣為容納大批的從祀者神位，就須得設立廊廡，由此便形成了廊廡院落。除以上幾個因素外，還突出地表現了孔子的圣人地位及孔孟之道的神圣性，如泮池、璧水、牌坊等，并以書樓象征孔子在學術方面的偉大成就。孔廟成功地運用了傳統的庭院組合與環境烘托相結合的表現手法，達到了渲染孔子在學術上、教育上的卓越貢獻和在古代社會中崇高地位的目的，是中國古代建筑群中別具一格的建筑形制。
孔廟的主要用途是祭祀孔子及先賢先儒，這也是孔子后裔的主要職責。孔廟祭祀分為釋奠儀、月朔釋菜儀、月望、行香儀、歲時常祭儀、告祭儀、祭中興祖儀、皇帝親祭大典、御遣官祭告儀等種類。
孔廟作為紀念性建筑群體，廟內的石碑也就成了它的一個組成部分。廟內共保存了歷代石碑一千二百余塊。主要有修廟記、祭文、諭詔、贊辭、記銘等。有一部分是建國后為保護文物移進孔廟的。另外還有漢畫像石刻、玉虹樓法帖等，也是建國后移進去的。在我國現存石碑中占有較高的地位，號稱中國三大碑林之一，有較高的歷史和書法藝術價值。
孔廟內現有古樹一千二百余棵，與宏偉的建筑群相互輝映，特別是夏季，上千只鷺鳥居住在古木之上，形成了孔廟又一獨特的景觀，鷺鳥已被曲阜市定為市鳥。
孔廟集歷史、建筑、文化、藝術、書法、石刻、古木、文物、遺跡于一體，是我國古代勞動人民智慧的結晶，是珍貴的文化遺產，1961年被國務院公布為第一批全國重點文物保護單位。建國后，政府多次撥款維修，使其保持原貌。1994年，經聯合國教科文批準，孔廟、孔府、孔林列入世界文化遺產名錄。
萬仞宮墻
“萬仞宮墻”原名仰圣門，是明代曲阜城的正南門。明代學者胡纘宗為表達對孔子的尊敬和贊揚，親書“萬仞宮墻”石額鑲于門上，其意出自《論語》子貢語。（叔孫武叔語大夫于朝，曰：子貢賢于仲尼，子服景伯以告子貢，子貢曰：譬之宮墻，賜[子貢姓端木，名賜]之墻也，及肩，窺見室家之好。夫子之墻數仞。不得其門而入，不見宗廟之美，百官之富，得其門者或寡矣，夫子之云，不亦宜乎）。胡纘宗認為數仞宮墻仍不能表達他對孔子的贊揚，于是將其改為“萬仞宮墻”。清代，乾隆皇帝到曲阜來，為了顯示他對孔子的敬仰，把胡纘宗書寫的石額換下，自己親筆書寫了同樣四個字鑲于城門。現在看到的“萬仞宮墻”石額，即乾隆皇帝的御筆題寫。
金聲玉振坊
金聲玉振坊建于明代嘉靖十七年（公元1538年），“金聲玉振”四字為明代學者胡纘宗手跡，坊上有平面淺雕云龍戲珠，柱頂各設圓雕“辟邪”一只，俗稱“朝天吼”，坊后有一座單孔石橋，上設龍陛，名曰“泮水橋”，橋下泮水原上游接古泮池，下游流經明城正南門西水門入護城河。此橋建于清康熙十六年（公元1677年）。
“金聲玉振”四字出自《孟子•萬章下》，孟子說：“孔子之謂集大成。集大成也者，金聲而玉振之也。金聲也者，始條理也，玉振之也者，終條理也。”意思是說孔子集圣賢之大成，始終而一。“金聲”原意是指我國古代樂器“鐘”發出的聲音，“玉振”原意是指我國古代樂器“磬”發出的聲音，在古代奏樂時以擊“鐘”為始，擊“磬”為終，金聲玉振的原意為一首完善的樂曲。孟子將孔子思想比喻為一首完美無缺的樂曲，在這里借用孟子語意，是說孔子思想完美無缺，集古圣賢之大成，以達到絕頂的意思。
欞星門
欞星門建于明代永樂十三年（公元1415年），原為木質結構，清代乾隆十九年（公元1754年），衍圣公孔昭煥重修孔廟時，換成石柱鐵梁。四根石柱頂端為四大天將，中間平梁上是火焰寶珠，以象征此門由天將守衛而成為參天立地的天門。
欞星，即天田星,最早見于史料的有漢高祖命祀靈星,凡祭天先祭靈星,古人認為靈星“主得士之慶”，專門管官的星。宋仁宗天圣六年（公元1028年），筑郊臺外垣置靈星門，即在祭天之臺的外墻置靈星門，形如窗欞，故曰“欞”。孔廟設欞星門，意為祀孔如祀天，此見于宋《景定建康志》、《金陵新志》所記。另外，孔廟有碑記：置欞星門“取其疏通之意，以納天下士”，無論任何地方，只要設有欞星門，那么它的門扇一定是由欞子結構而成，因此有疏通之意，孔廟取此意，以招引天下的文人學士都來學于此。
欞星門外東西兩側，各有一幢下馬碑，上刻“官員人等至此下馬”，在封建社會，所有來曲阜祭孔的官員，無論職位高低，來到孔廟前見到此碑，須文官下轎，武官下馬，以示對孔子的尊崇之意。此碑始立于金明昌二年（公元1191年）。
太和元氣坊
太和元氣坊建于明代嘉靖二十三年（公元1544年），全為石質結構。“太和元氣”四字為當時山東巡撫曾銑手書。
“太和”指天地、日月、陰陽會合之氣，“元氣”原意為形成世界的原始物質，后來，一些唯物主義者將“金、木、水、火、土”這五行稱為“原氣”，世界上萬事、萬物都是由五行構成。在這里，“元氣”為天地、日月、陰陽會合之氣，是生長萬物的根本。“太和元氣”也就是說孔子思想體現了整個人類思想最精華、最高貴的一面，如同天地生育萬物一般，能使人類思想到達一種至高無上的境地。
太和元氣坊后為“至圣廟”坊，原名為“宣圣廟”坊，始建年代未查到記載，明弘治十六年（公元1503年）的廟圖上已有“宣圣廟”坊。清雍正七年（公元1729年）改“宣圣廟”為“至圣廟”。此坊為漢白玉石質。“至”即至高無上的意思。
太和元氣坊位處孔廟第一進院落。此院東西各有一座木坊，東為“德侔天地”，西為“道冠古今”。此二坊建于明代永樂十三年（公元1415年），清雍正七年（公元1729年）重修，三間四柱，上面是牌樓，六重四拱，坊下各飾有八只石雕怪獸，中間四只為“天祿”，兩旁四只為“辟邪”，異常古拙。
“德侔天地、道冠古今”意思是說孔子對人類做出的貢獻如天地一樣大，孔子思想是空前絕后，無論古今還是將來，都是至高無上的。
圣時門
圣時門原為孔廟正門，建于明代永樂十三年（公元1415年），弘治十二年（公元1499年）擴建，清雍正八年（公元1730年）清世宗賜名為“圣時門”。此門建于高臺之上，前后御道上各有浮雕云龍戲珠石陛，系明代雕刻。“圣時門”三字為清高宗乾隆手書。
“圣時”二字出自《孟子•萬章下》，孟子將中國古代的四位圣人做了比較后指出：“伯夷，圣之清者也；伊尹，圣之任者也；柳下惠，圣之和者也；孔子，圣之時者也”。認為伯夷反對武王滅紂，不食周粟而死，為圣之清者；伊尹，幫助湯滅夏桀，湯死后輔佐外丙，仲壬死后立湯孫太甲即位，因太甲破壞湯法，被伊尹放逐，三年后太甲悔過，又被伊尹接回復位，孟子稱伊尹為圣之任者；柳下惠是春秋時期魯國大夫，他曾三次被貶黜而仍留任，人問他為什么不離開，他回答說：“直道而事人，焉往而不三黜？枉道而事人，何必去父母之邦？”后來，齊攻魯，他派人到齊勸說退兵，沒用一兵一卒，就退了齊軍，所以孟子說他是圣之和者。通過比較，孟子認為孔子是圣之時者，終始而一的圣人，是最適合時代的圣人，無論任何一個時期，任何一個朝代，孔子思想都應成為正統思想。
璧水橋
進來圣時門，豁然洞開，很大的方形庭院內，古木參天，芳草如茵，東西對稱各有一腰門，對面三架拱橋掩跨璧水，半掩著弘道大門，加之石制盆景上綴，使人心曠神怡，無不動情，頓覺進入了“神”的境界。崇圣者仰之彌高，觀覽者先睹為快。與此情此景相連接，東邊腰門曰“快睹”，西邊腰門曰“仰高”。“快睹”寓先睹為快之意，“仰高”則出自《論語•子罕》。“仰之彌高，鉆之彌堅”意說孔子之道高深不可測，抬頭向上看，越看越高，學習孔子的思想學說，一旦入進門來，才感到里面的東西學無止境。此二門建于明代弘治十二年（公元1499年）。過去只有皇帝祭祀才可走正門，一般人只能從仰高門進廟。
前面一水橫穿，三橋縱跨，環水有雕刻石欄，因水“壅繞如璧”取名“璧水”。北京天安門前有金水，這里設“璧水”意為孔子廟宇與皇宮等同，三橋因而得名璧水橋。始建于明代永樂十三年（公元1415年），明弘治十二年（公元1499年）增添石欄，河身砌有河底，原河上為小墻，清康熙十六年（公元1677年）將小墻改為石欄桿。
弘道門
弘道門始建于明代洪武十年（公元1377年），原門三間，當時是孔廟的正門。明弘治年間重修孔廟時，改建為五間。清代雍正八年（公元1730年），雍正皇帝欽定為“弘道門”，后由乾隆皇帝題寫“弘道”二字豎匾立于門額。
“弘道”二字出自《論語•衛靈公》，“人能弘道，非道弘人”，原意為肯定人的主觀能動性，人能總結闡發前人之道而成為圣人。此處借“弘道”二字，贊揚孔子闡發了堯舜禹湯和文武周公之道，集先圣先王之大成，成為“千秋帝王之師，萬世人倫之表”。另有一層意思是說人們要想在學問上有所成就，就得踏入“弘道”之門，學習孔子的思想學說，才將是前途無量。
弘道門下原有石碑兩幢，東碑是元代刻成的“曲阜縣歷代沿革志”，記載了曲阜在元代以前的歷史沿革概況，具有較高的史料價值。西碑是元代“處士王先生墓志銘”，頗有書法價值。二碑原立于曲阜城東舊縣村，1964年移入孔廟，現存漢魏碑刻陳列館珍藏。
大中門
大中門是宋代孔廟的正門，始建于宋代，明弘治十二年（公元1499年）重修。“大中門”三字匾額系清高宗乾隆手書。
“大中”是贊揚“中庸之道”。“中者天下之正道，庸者天下之定理，不偏之為中，不易之為庸”。“中庸之道”即不偏不倚，能夠獨立存在的天下唯一之正道。肯定了孔子之道適合作為統治人類思想的主導地位，只有走“中庸之道”，才能永遠立于不敗之地。
大中門兩側各有綠瓦拐角樓一座，各三間，平面作曲尺形，建在方形高臺之上，這兩個角樓與孔廟后面東西兩角樓形成的矩形輪廓，即是元代孔廟的輪廓。孔廟內的主要建筑物都在此輪廓之內。角樓建于元至順二年（公元1331年）。孔廟設角樓是仿照宮庭皇城角樓之制而建成的，意使孔廟像皇宮一樣威嚴。
同文門
同文門始建于宋代，原為三間，明代成化年間擴為五間。清康熙年間名曰“參同門”，清雍正七年（公元1729年）改為同文門。此門是一獨門，左右無墻。以前中國傳統的宮殿式建筑，在主體建筑之前常有小型建筑作為屏障，以表示莊嚴，同文門就擔當著奎文閣的屏障作用。“同文門”三字為清高宗乾隆手書。
“同文”二字出自《禮記》，“書同文，行同倫”，意為統一語言、統一文化、統一思想，使整個人類思想都統一到儒學思想上來，如同走路，須得步調一致。
奎文閣
奎文閣原名藏書樓，始建于宋代，重檐五間，金明昌六年（公元1195年）改為三檐，賜名“奎文閣”。明弘治十七年（公元1504年）改為七間，清高宗乾隆皇帝題寫閣匾。
奎文閣東西闊30.1米，南北深17.62米，高23.35米，三重飛檐，四層斗拱，檐下八根八棱石柱，內部結構為層疊式木架，閣兩層，中間夾暗層，原上屋藏御賜經書，暗層藏印板，下層藏御香帛。
“奎”，星名。二十八宿之一。傳說為西方白虎之首，共有16顆星，“屈曲相鉤，似文字之畫”，《孝經》上講“奎主文章”，后人進一步將奎星說成是“文官之首”。所以，金章宗為贊頌孔子是天下文官主，將原藏書樓命名為“奎文閣”。
奎文閣自明弘治十七年（公元1504年）擴建以來，經歷了幾百年風風雨雨和上百次地震，在西面碑亭內有塊碑記載了清代康熙年間一次大地震，“人間房屋傾者九，存者一”，即說百分之九十的房屋倒塌，而奎文閣安然無恙。到本世紀八十年代初，奎文閣因歷年久遠，加之多年失修，有些木質糟朽，閣上方扭斜，于是由國家文物局主持，組織古建筑專家聯合擬出修復方案，撥款120余萬元，比原定工期提前一年將奎文閣重新整修。整修完的奎文閣，完全保持了原有的規格和風貌。
奎文閣廊下東、西各有一幢石碑，東為《奎文閣賦》，由明代著名詩人李東陽撰文，著名書法家喬宗書寫。西為《奎文閣重置書籍記》，記載了明正德六年（公元1511年）劉六、劉七率農民起義軍攻占曲阜、占領孔廟，“秣馬于庭，污書于池”，將奎文閣藏書“焚毀殆盡”以后，皇帝“又命禮部頒御書以賜”的情況。清代奎文閣中的藏書又有增添，清晚期將藏書移入孔府保存。
奎文閣內現為孔子圣跡圖陳列。孔子圣跡圖現存三套，一是明代圣跡圖繪畫，二是明代雕刻圣跡圖木板，三是明萬歷年間的圣跡圖石刻。這里陳列的系明木板圣跡圖印本。圣跡圖全套120幅，描繪了孔子一生主要活動（詳見圣跡殿）。
明代御碑
在同文門周圍有四座明代的御碑，東北為洪武碑，西北為永樂碑，東南為成化碑，西南為弘治碑。洪武碑和永樂碑在明弘治十二年（公元1499年）被火燒毀，弘治十六年（公元1503年）由皇帝重立。洪武、永樂、弘治三碑通高二丈四尺二寸（7.60米）,由弘治年間的書法家喬宗書，著名刻工閻杰刻石。成化碑高7.85米，寬2.27米，厚近半米，立于明成化四年（公元1468年），是孔廟中按體積最大的一幢碑。
成化碑是較為著名的一幢碑。首先是碑文的內容，將孔子思想評價到了絕對高的程度，認為有孔子之道則有天下，無孔子之道則無天下，反孔子之道則失天下，“朕惟孔子之道，有天下一日者不可無焉，何也？有孔子之道則綱常正而倫理明，萬物各得其所矣。”“孔子之道在天下如布帛粟菽，民生日用不可暫缺”，就是說孔子之道就像人們吃的飯，穿的衣服一樣，時時刻刻不能缺少。其二是這幢碑的書法藝術，書體端莊，結構嚴謹，以精湛的書法著稱于世，許多出版的書法正楷臨摹版本就選自成化碑。然而成化碑的字跡由誰書寫尚不得知，肯定不是成化皇帝的手跡，成化年間也沒有很出名的書法家，碑文因皇帝書寫，又沒有留下書家名號，成為千古疑迷。
十三碑亭
過奎文閣便是十三碑亭院，院內有十三座碑亭，保存了唐、宋、金、元、明、清及民國時期所設立碑刻57塊，南排中間兩座碑亭系元代至元五年（公元1268年）和元大德六年（公元1302年）建的；次外兩座系金代明昌六年（公元1195年）所建，其它均為清代建筑。按孔廟的建筑發展，清代碑亭應建在大中門前，清皇帝為了顯示自己，將碑擁擠在各碑亭之前，故在此院內出現了雙檐穿插交錯的擁擠現象。因此有人說這種建筑結構犬牙交錯，兩角相頂，巨檐相交，是古建筑學上所講的“勾心斗角”，“勾心斗角”見于《阿房宮賦》，至于其建筑結構是什么樣子，已無法確知。
十三碑亭內碑文的內容均為歷代帝王、大臣們修廟、祭廟、告廟之類的記錄。從書法上看，真草隸篆、座座不同，其中有蒙古文、滿文與漢文對照石碑，通過十三碑亭可窺見出歷代建筑技術的發展變化。
在孔廟內1372塊碑刻中，按其重量來說，最重的一塊碑應數清康熙二十五年所立的康熙御制碑（位置在大成門前東側），這幢碑碑身重35噸，連赑屃水盤共65噸重。此碑的石料采自于北京的西山，當時從北京將碑刻好，然后沿京杭大運河從通州運往濟寧，中間用了兩個多月的時間。然后又從濟寧運往曲阜，濟寧到曲阜90華里，征用了民工600人，耕牛443頭，趁冬季寒冷，地上潑水結冰，碑從冰上滑行，文獻上講每天走臥牛之地，這樣90華里路運了整整十五個晝夜，耗費庫銀600余兩。
在此院內，除十三碑亭外，東南、西南兩角的露天碑群，加上北面廊下的石刻仿佛構成石碑展覽。這些石碑均為歷代帝王、大臣們修廟、祭廟的內容，從書法上看，書體嚴謹，石石不同，風格筆法，各有千秋。另有幾幢石碑從不同側面記載了元末紅巾軍、明正德年間劉六、劉七，明末徐鴻儒等農民起義的情況，是研究中國農民戰爭史的珍貴的歷史資料。
此院東、西各有一門，東為毓粹門，西為觀德門，習稱東西華門，始建于金代，供出入方便而設，元、明均重修過。現存系明代建筑。
大成門
大成門在宋代初年叫儀門。宋崇寧三年（公元1104年）因大成殿得名大成門。原門三間，明弘治十二年和清雍正二年兩次著火后重修，清世宗雍正題匾。此門用黃瓦、彩繪斗拱，前后各用四根石柱擎檐，前后中央四根深雕云龍蟠柱，其余四根為淺雕花紋，前后臺階中有浮雕龍陛，均為明代中期雕刻。此處并五門，將孔廟分成三路，東為承圣門，院內為奉祀孔子上五代祖先的地方。西為啟圣門，內奉祀孔子父母。中路三門并立，東西各有掖門，東為金聲門，西為玉振門，中路為祭祀孔子夫婦及歷代先賢先儒的地方。
先師手植檜
大成門里東側有一石欄，欄內有一棵檜樹，相傳為孔子親手所植。
此樹最早記載見于唐人封演所著《封氏聞見記》：“兗州曲阜文宣王廟內并殿西、南，各有柏葉松身之樹，各高五、六丈，枯槁已久，相傳夫子手植，永嘉三年其樹枯死”。手植檜樹原有三株，于晉懷帝永嘉三年（公元309年）枯死。隋大業十三年（公元617年）復生，唐乾封二年（公元667年）又枯；宋康定元年（公元1040年）再生，金貞佑二年（公元1214年）毀于兵火。到此，相傳原孔子手植檜樹絕跡。元至元三十一年（公元1294年）由三氏學堂教授張？將原東廡廢墟上發出的檜樹苗移栽于此地，即為第四代手植檜。明弘治十二年（公元1499年）孔廟著火，此樹被燒死，僅存樹身；清雍正二年（公元1724年）再次著火，燒毀樹身，僅存下約半米高的樹樁。樹樁一直保存到“文革”前，“文革”初期被鋸掉樹樁，現石欄內尚保留有第四代樹的樹根。現在挺挺高聳的檜樹是清雍正十年（公元1732年）復生的再生檜。因此，如果算孔子親植，那么正好是第五代樹。
現手植檜高大勁撥，圍有二人合抱，枝冠似傘，樹身似銅，高達十五、六米，樹頭向南傾斜，不知為什么，清代復生的手植檜樹的形狀竟和明代萬歷年間的圣跡圖石刻上原手植檜的形狀幾乎完全一致。有人認為這個與地理位置有關系，不知能否解釋清了。仔細想來，似乎有些道理。
先師手植樹歷來受到重視，“此檜日茂則孔氏日興”，將它和孔氏子孫的命運聯系在一起。宋代米元章（米芾）將手植檜與封建統治者的命運聯系在一起，有詩為證：“矯龍怪，挺雄質，二千年，敵金石，糾治亂，如一昔”。
樹東立有一碑《先師手植檜》，此碑立于明萬歷二十八年（公元1600年），字體酣暢，渾厚有力，是明代楊光訓手書。
杏壇
宋代以前孔廟內并沒有杏壇。現杏壇的位置是宋代以前孔廟的正殿。宋天禧二年（公元1018年），孔子第四十五代孫孔道輔監修孔廟，將正殿擴建，位置后移。為紀念孔子講學，在原正殿舊址“除地為壇，環植以杏”，即筑一個土臺，周圍植杏樹，名曰“杏壇”。金代在壇上建亭，元世祖至元四年（公元1267年）重修，明穆宗隆慶三年（公元1569年）重建。
杏壇是紀念孔子講學的地方，最早記載見于《莊子•漁父篇》，“孔子游乎緇帷之林，坐休乎杏壇之上，弟子習書，孔子弦歌鼓琴”。至于原來沒有杏壇，或者說有杏壇在什么地方已無法考證了。一般來說《莊子》上面的記載是比較可信的，但《莊子》下篇一般認為是偽作，而《漁父篇》出自《莊子》下篇。因此，對于原杏壇的記載真偽難辨，尚不得考證。
杏壇內現有石碑兩幢，背東面西一碑為金承安三年（公元1198年）文人黨懷英篆書“杏壇”二字，由孔子五十一代孫孔元措立石于亭內的，面南一碑為清高宗乾隆手書的《杏壇贊》，寫道：“重來又值燦開時，幾樹東風簇絳枝，豈是人間凡卉比，文明終古共春熙”。
杏壇的建筑結構較為別致。這種結構在全國來說也是不多見的，四面懸山，十字結脊，巨角重檐，黃瓦朱欄，雕梁畫棟，精美華麗，從四面觀看形狀一致，具有獨特的建筑特點。亭周圍有方正石欄，亭前水波花紋石雕香爐，傳系金代遺物。
大成殿
大成殿是孔廟的主體建筑，是祭祀孔子的中心場所。宋崇寧三年（公元1104年）據《孟子》“孔子之謂集大成”語意，詔名文宣王殿曰“大成”。贊頌孔子思想空前絕后，完美不缺，集古圣賢之大成。
大成殿始建于宋天禧二年（公元1018年），五間重檐，宋政和四年（公元1114年）頒御書匾額，北宋末年毀于戰亂；金皇統九年（公元1149年）重修，貞佑二年（公元1214年）又毀于兵火；元大德六年（公元1302年）重建大成殿，“七間，復檐重基，高一丈有奇，內外皆石柱”。明成化十六年（公元1480年）擴建為九間，明孝宗弘治十二年（公元1499年）大成殿毀于雷火，弘治十二年至十七年重建，清世宗雍正二年（公元1724年）再次毀于火，又重建，至雍正八年（公元1730年）完工，雍正皇帝重頒御書“大成殿”匾額，御制對聯懸之廟堂。現在看到的大成殿就是清雍正時期重建的。
大成殿闊九間，深五間，主殿高24.8米、闊45.8米、深24.9米，重檐九脊，黃瓦飛甍，斗拱交錯、雕梁畫棟。四周有回廊，頂端檐吻足有一人之高，前檐下為十根浮透雕水磨大石柱，柱高6米，直徑0.8米，每柱二龍對翔，盤繞升騰，中刻寶珠，四繞云焰，下飾蓮花石座。從底到上全部雕刻深邃，云龍騰起如飛，神態各異，遠而望之，祥云之中蛟龍盤旋飛舞，使人無不感到驚訝萬分。大成殿兩側回廊和后面回廊下的18根石柱為八棱八面柱，上有淺雕云龍戲珠，每一面為九龍戲珠，每根柱上就有72條龍。
殿下有雙層臺基，前有高二米的大露臺，東西寬約45米，南北35米，南有兩層大型浮雕龍陛，四周圍以雙層石欄，石欄下東西南三面共突出24個石雕螭首。雙層石欄設計規整古雅，有復道四通。大露臺是祭祀孔子時舞蹈奏樂的地方。整個大成殿氣勢雄偉，結構整齊，規模宏大，突兀凌空，金箔貼裹，群龍競飛，具有明顯的東方建筑特色。與北京故宮太和殿、泰安岱廟里宋天貺殿并稱為東方三大殿。
大殿內有9座大型神龕，17座塑像。中間一座是孔子，孔子像坐高3.35米，頭戴十二旒冠冕，身穿十二章王服，手捧鎮圭。孔子在歷史上被尊為文宣王后曾經有過爭論，唐玄宗開元十七年（公元739年）追謚孔子為“文宣王”，著王者之服，但此“王”并不確切，因為“王”有君王和侯王區分，有人認為應屬君王之“王”，也有人認為應屬侯王之“王”。宋真宗大中祥符二年（公元1009年）“加冕九族，服九章，從上公制”。因此看來，宋以前“文宣王”之“王”應屬侯王之“王”，以后隨著孔子地位進一步升高而被確認為君王之“王”。所以孔子身著的服裝是十二章西周的王服（天子之制）。
孔子兩側神龕內為四配，東位面西的復圣顏回和述圣孔伋，西位面東的是宗圣曾參和亞圣孟軻。
圣跡殿
孔廟的最后一座殿是圣跡殿。圣跡殿造型古雅，建于明代萬歷二十年（公元1592年），由巡按御史何光主持建造的。他搜集了有關孔子的畫像和文獻資料，交由吳郡畫工章草補充繪畫并刻成石刻，這就是我國最早的完整石刻連環畫——“圣跡之圖”。圣跡殿是專門為存放《圣跡圖》而建造的。
《圣跡圖》每幅高38厘米，寬60厘米，文圖并茂，共120幅，描繪了孔子一生的主要活動。圣跡殿內除圣跡圖外，還有幾幅孔子畫像，正中一幅是唐代大畫家吳道子畫的《孔子為魯司寇像》，左邊是吳道子畫的《孔子憑幾像》，習稱“小影”，孔子按幾而坐，從以十弟子。宋紹圣二年（公元1095年）由孔子四十六代孫孔宗壽翻刻上石。關于這幅圖有人提出疑問，認為非吳道子真跡。右為晉代著名畫家顧愷之畫的《孔、顏二圣像》，宋紹圣二年（公元1095年）由孔子第四十八代孫、衍圣公孔端友摹勒上石（有介紹書誤將此畫稱之為“小影”）。《孔子憑幾像》和《孔、顏二圣像》有宋真宗、宋太祖的御贊詞和宋代紹圣、政和的年號及題跋。殿內西面最北為吳道子畫的《孔子行教像》，這種畫像早已成為孔子像的原始標準。在吳道子以前，孔子畫像沒有標準，吳道子是根據記載中的孔子像創作的《孔子行教像》，據傳說（正史有載），孔子生而首上圩頂，似尼丘山之形，即頭頂中間低，周圍高，生有七露（耳、鼻、眼、口皆露），在吳道子創作《孔子行教像》以后，所有畫孔子像便以此為相貌之標準。《孔子行教像》南是宋代著名書畫家米芾的孔子贊祀，上刻《米芾孔子贊祀》，“孔子孔子，大哉孔子；孔子以前，既無孔子；孔子以后，更無孔子；孔子孔子、大哉孔子”。再南為明清翻刻的孔子畫像。
殿內東面是康熙的乾隆的御碑，南一塊是乾隆的，其它四塊是康熙的，其中兩塊是康熙的手書。最北一塊是康熙二十三年（公元1684年）來曲阜時寫的留言詩，“鑾輅來東魯，先登夫子堂，兩楹陳俎豆，數仞見宮墻，道統唐虞接，儒宗洙泗長，入門扶松柏，瞻拜肅冠裳”。（注：鑾，鑾架。輅，帶輪的轎。楹，門楹，原意為門兩側的框柱，這里指門內兩側。俎，案子。豆，祭器。數仞見宮墻，見萬仞宮墻。唐，唐堯。虞，虞舜。洙泗，洙水和泗水。肅，嚴肅，作動詞用。冠裳，帽子和衣裳）。殿中上方是康熙皇帝的“萬世師表”四個大字，贊頌孔子是“千秋帝王之師，萬世人倫之表”，就是說孔子永遠是人們效法的表率。
詩禮堂
詩禮堂是紀念孔子教育讀經的地方。《論語•李氏》記載了一則故事：一次孔子站在院中，見兒子孔鯉從堂前走過，問道：“你學過《詩》了沒有？”，孔鯉回答：“沒有”。孔子說：“不學詩，無以言”。因當時上層社會交往談話時總是要引上幾句《詩經》，不學習《詩經》是無法與人交談的。于是孔鯉就退而學詩。又有一次，孔鯉又被孔子叫住問他：“你學過禮了沒有？”，孔鯉回答：“沒有”。孔子說：“不學禮無以立”。即不學禮是難以立身處世的，于是孔鯉退而學《禮》。孔子教子學詩學禮，歷來傳為美談。元代初年，孔家“作堂私第，名以詩禮，示不忘過庭之教”。明弘治十七年（公元1504年）重建，紀念孔子教子讀經。同時賒 祀的時候，祭祀前在此演習祀儀。清康熙、乾隆來曲阜祭祀時，也在這里聽孔子后裔講經。乾隆還題寫了“則古稱先”、“詩書禮樂”的匾額和對聯。
在1989年紀念碑孔子誕辰2540年時，由中國孔子基金會和曲阜市文物管理委員會聯合刻制了一套仿漢畫大理石石刻孔子事跡圖，鑲于詩禮堂內，這套事跡圖選材精辟，雕刻細致，由石刻家石可先生繪制雕刻，高小嚴先生書丹，匡亞明先生題字。
此院東廂房為禮器庫，是存放祭祀器物的庫房。院中有一株唐代的槐樹和兩株宋代的銀杏樹，雖歷經千年，仍枝葉茂盛。銀杏左雄右雌，至今果實累累。
魯壁、孔宅故井
魯壁是紀念孔子九代孫孔鮒藏書的地方。從孔子向后單傳八代，到第九代孫共兄弟三人，長子就是孔鮒，孔鮒時期遇秦朝焚書坑儒，孔鮒認為“秦非吾友，吾將藏之，以待其求”，于是將《尚書》、《禮記》、《論語》、《孝經》等一些經典書籍幾十篇偷藏在墻壁內，他自己就到嵩山隱居去了，到死也沒回來。也有人說孔鮒后來參加了陳勝、吳廣領導的農民起義軍。到劉邦建立漢朝后，逐漸重視儒生，劉邦還親自來曲阜祭祀孔子。但因秦焚書，《論語》、《尚書》等一些書籍已找不到了，于是召集了一些老人口述整理了《論語》等一些經典，由濟南的伏勝回憶整理了《尚書》，經過當時儒生們的廣泛傳播，在全國掀起了經學熱朝。到了漢景帝三年（公元前154年），皇帝劉啟將他兒子劉馀從淮南遷到曲阜，封為魯王，即魯恭王。恭王好宮室，為擴大宮室，拆除孔子舊宅，拆故宅舊墻時，忽然聽到金石絲竹之聲，有六律五音之美，結果發現一些書籍，這些書籍即孔鮒所藏之書，書是用蝌蝌文寫于竹簡之上的，不同于當時經師們利用隸書寫的經典，人們就把它們稱為“孔壁古文”。因為古文經典和當時社會上流傳的經典（今文經典）不完全一致，因此出現了今文經學和古文經學，隨之出現了今古之爭。其中最有影響的是《古文尚書》，據說它比《今文尚書》多十六篇。
金代為紀念孔鮒藏書，在孔子故宅內修建了“金絲堂”，因傳說拆孔子故宅墻取書時有金石絲竹之聲，六律五音之美，故名“金絲堂”。明弘治十三年（公元1500年）重修孔廟時，為孔廟建筑對稱，將金絲堂遷到孔廟西路。金絲堂遷出后，在原址擴建了詩禮堂。后來又刻了“魯壁”碑來紀念孔鮒藏書。魯壁藏書確實保存了中國文化典籍，的確值得紀念。
魯壁前有口水井，傳說是孔子當年的吃水井。明代增添了周圍的石雕欄桿，并立“孔子故宅井”石碑一幢。井西有一座四角涼亭，是專為清高宗乾隆“飲水拜師”而建的。內有乾隆御書的“故宅井贊”碑，乾隆說：“我取一勺，以飲以思，嗚乎宣圣，實我之師”。此碑四面刻字，乾隆八次到曲阜，其中五次在此碑上留言。
崇圣祠、家廟
崇圣祠原是孔氏家廟，清雍正元年（公元1723年）追封孔子上五代祖先為王爵后，改為崇圣祠。祠內中間供奉孔子五世祖肇圣王木金父；左供高祖父裕圣王祁父（夷父），右供奉曾祖父詒圣王防叔；再左供奉祖父昌圣王伯夏；再右供奉孔子父親啟圣王叔梁紇。兩側以顏回父親顏無繇、曾參父親曾點、孔伋父親孔鯉、孟子父親孟孫激配享。再兩側以周敦頤之父周輔成、張載之父張迪、二程（程頤、程顥）之父程？、朱熹之父朱松、蔡沈父親蔡元定為從祀，在孔廟大祭時一并受祭祀。
崇圣祠后為孔氏家廟，是孔家私祭的地方，正堂七間，中間祀孔子夫婦，左祀孔鯉夫婦，右祀孔伋夫婦，再左祀孔子第四十三代中興祖孔仁玉夫婦。
